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la gazette des virus et parasites

Publié le par ottolilienthal

Les dromadaires du Kenya responsables du prochain Covid ?

Les dromadaires du Kenya, célèbres pour leur lait et leur viande, sont susceptibles de pouvoir transmettre à l’homme un cousin du Covid-19. Inquiétudes.

 
 
Après le Covid-19, d’autres virus d’origine animale nous menacent

La nomination d’un vétérinaire au Conseil scientifique sur le Covid-19 a mis l’accent sur la nécessité d'associer des spécialistes des animaux aux spécialistes de la santé humaine. Les zoonoses, maladies d’origines animales, pourraient en effet être de plus en plus nombreuses à l’avenir.

Réclamée par de nombreux experts depuis un an, la récente nomination d’un spécialiste de la santé animale au sein du conseil scientifique français sur le Covid-19 est un symbole fort : il montre qu’il est nécessaire de conjuguer les compétences pour prévenir les maladies nouvelles dont l’émergence se multiplie : 60 % des maladies humaines existantes sont en effet désormais zoonotiques, autrement dit issues du monde animal, et 75 % des maladies émergentes le sont aussi. Les virus, bactéries ou parasites "sautent" la barrière d’espèces pour infecter l'être humain, le plus souvent en transitant par des animaux domestiques. D’où ce concept d’associer les disciplines appelé One Health ("une seule santé") né dans les milieux scientifiques internationaux au début des années 2000.

Médecins, vétérinaires, éleveurs et chefs de villages mobilisés

Dans cet esprit, à la mi-janvier 2021, sous l’égide de la France, s'est tenu à Paris le One Planet Summit. Il a permis de lancer l'initiative Prezode – dont l’objectif est de prévenir de futures crises sanitaires en détectant de manière précoce ces maladies chez les animaux, afin de réagir avant qu’elles ne "sautent" la barrière d’espèce et se diffusent entre humains.

L’unité santé animale du Cirad (Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement) a ainsi évalué le projet australo-français déployé par le groupe Ausvet en Indonésie. Baptisé iSIHKNAS (Indonesia’s National Animal Health and Production Information System), il a notamment développé une application pour téléphone mobile, destinée à partager et faire remonter les informations concernant les cas de maladies détectées dans les élevages d’animaux domestiques, voire les cas de contaminations d’êtres humains.

Cet outil associe les éleveurs (de bovins et volailles), les chefs de village, les responsables de dispensaires, les vétérinaires de districts, ainsi que les niveaux supérieurs. De la sorte chacun sait ce qui se passe dans son village et dans les villages voisins et surtout cela permet aux autorités sanitaires de prendre, en temps réel, les mesures adaptées. En Indonésie, cinq millions d’éleveurs sont dotés de cette application.

Près de 800 000 virus nous menacent

De tels réseaux de surveillance sont d’autant plus nécessaires que les zoonoses se sont multipliées au cours des dernières décennies. Et tout laisse à penser que le Covid-19 marque le début d’une épidémie de pandémies. "Avant le XXe siècle, le monde connaissait une pandémie environ tous les cent ans, explique Benjamin Roche, éco-épidémiologiste à l’IRD (Institut de recherche sur le développement). Or depuis le début du XXIe siècle on en a déjà connu six !"

En 2003 émergeait le premier SARS-CoV-1 (un coronavirus, donc), à l’origine du "syndrome respiratoire aigu sévère", ou SRAS, apparu en Chine avant de provoquer la panique dans le monde entier.

En 2009-2010 émerge au Mexique la grippe A (H1N1), dite "grippe porcine", vite élevée au rang de pandémie par l’OMS. Elle sévit depuis dans le monde entier.

En 2012 le MERS-CoV (un autre coronavirus) surgit en Arabie saoudite puis s'étend à plusieurs autres pays du Moyen-Orient. On le retrouve également en Corée du Sud.

En 2013 en Polynésie puis en 2015 au Brésil, la fièvre Zika fait des ravages.

En 2014 enfin, l’Afrique de l’Ouest subit la plus grande épidémie de fièvre Ebola jamais encore connue dans le continent (où la maladie se maintenait à bas bruit depuis son apparition au Soudan et au Congo en 1976).

Et la liste risque de s’allonger à un rythme soutenu. En effet, en octobre 2019 un groupe de 22 experts internationaux de l’IPBES (Plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques) dont fait partie Benjamin Roche, alertait en ces termes : "On estime à 1,7 million le nombre de virus 'non découverts' actuellement présents dans les mammifères et les oiseaux, dont 827 000 pourraient avoir la capacité d'infecter les êtres humains."

La perte de biodiversité : une aubaine pour les nouveaux virus

Parmi les causes de nouvelles maladies : la perte de biodiversité. S'il trouve, comme toutes les pandémies, son origine dans des microbes portés par des animaux, le Covid-19 doit son émergence à l’intensification des activités humaines. Les changements dans la manière dont nous utilisons les terres, l'expansion et l'intensification de l'agriculture, ainsi que le commerce, la production et la consommation non durables augmentent les contacts entre la faune sauvage, le bétail, les agents pathogènes et les êtres humains. C'est un chemin qui conduit droit aux pandémies, explique le rapport final de l’IPBES.

Dans une nature vierge, ou peu perturbée par les activités humaines, une forme d'équilibre se maintient entre la faune sauvage et les microbes (virus, bactéries et parasites) dont elle est porteuse. On appelle cela l’effet de dilution. "Une forte biodiversité permet de 'diluer' les microbes dans la variété des espèces sauvages, explique Benjamin Roche. On l’a observé à de multiples reprises aux États-Unis où l’on voit progresser en flèche la maladie de Lyme [transmise par les tiques] dans les États où la biodiversité est la plus détruite. Pour ce qui est de la fièvre du Nil occidental [arrivée aux États-Unis à la fin des années 90 et transmise par des moustiques aux oiseaux avant le passage au cheval et à l’homme], on a observé que les États où il y avait le moins de cas étaient ceux qui conservaient la plus riche diversité d’oiseaux. Dans le cas du virus Ebola en Afrique, poursuit l'éco-épidémiologiste, on s’est rendu compte qu’il se propageait tout particulièrement dans les zones déforestées, car les chauve-souris originaires des écosystèmes forestiers sont contraintes de se déplacer de plus en plus près des villages et des villes à proximité de ces écosystèmes : c’est là que se fait la transmission à l'homme, puis la transmission interhumaine prend le relais."

L’OMS à la traîne

Par ailleurs, avec la mondialisation, les microbes, qu’il s’agisse de virus ou de bactéries, se propagent dans le monde à la vitesse des transports contemporains, collés aux roues des camions, enfouis dans les bagages des voyageurs, ou dans les soutes des avions et les conteneurs chargés sur les cargos. Ce sont donc les activités humaines dans leur ensemble qui constituent le cocktail déclencheur de l’émergence des zoonoses et par voie de conséquence, des pandémies.

Ces pandémies risquent donc d’être de plus en plus nombreuses à l’avenir. D’autant plus que, si elle s’y prépare, la planète n’est pas encore armée pour y faire face. "Cette articulation entre médecine humaine et vétérinaire, elle commence à se faire dans les pays de l’hémisphère nord, explique l’historien de la santé Patrick Zylberman, mais on en est encore très loin dans les pays du sud. Ces derniers font certes appel à l’OMS, mais l’OMS est à la traîne avec un budget dérisoire." Ce concept de One Health, qui semble frappé au sceau du bon sens, se heurte donc aujourd’hui à un problème de déploiement sur le terrain. Il est inégalement mis en place. Or les virus, eux, ne connaissent pas de frontières.

Anne Brunel (cellule investigation de Radio France) - franceinfo
Radio France

 

 

 

https://www.francetvinfo.fr/sante/enquete-apres-le-covid-19-dautres-virus-dorigine-animale-nous-menacent_4312331.html#xtor=EPR-2-[newsletterquotidienne]-20210228-[lespluspartages/titre3]

L'IPBES a mené un atelier exceptionnel en juillet dernier afin d'examiner l'état des connaissances scientifiques sur l'origine du Covid-19 et autres pandémies, ainsi que les options pour mieux contrôler et prévenir les épidémies à l'avenir.

70% des maladies émergentes (Zika, Ebola, Nipah) et quasiment toutes les pandémies (Sida, Covid-19) sont des zoonoses, i.e. provoquées par des microbes d'origine animale. Celles-ci sont dues aux activités humaines, les mêmes que celles provoquant la perte de biodiversité : changement d'affectation des sols, intensification et expansion agricole, déforestation, commerce d'espèces sauvages. Ces activités multiplient les contacts entre les hommes, les animaux domestiques et la vie sauvage, augmentant le risque d'épidémies.

Il est estimé que 1,7 millions de virus non-découverts existent chez les mammifères et les oiseaux. Entre 631 000 et 827 000 sont susceptibles d'infecter les humains. Les réservoirs les plus importants d'agents pathogènes se trouvent chez les mammifères (en particulier les chauve-souris, rongeurs et primates), certains oiseaux, et le bétail (cochons, chameaux, volaille).

Chaque année 5 nouvelles maladies émergent chez les hommes, chacune ayant le potentiel de s'étendre et de provoquer une pandémie.

Le changement climatique est de nature à significativement accélérer la tendance, en entrainant des déplacements d'êtres humains, de vie sauvage et de vecteurs de maladie.

Cette revue établit que les pandémies sont de plus en plus fréquentes, et que les stratégies pour y répondre consistent essentiellement à y réagir une fois qu'elles émergent, avec des mesures et des technologies couteuses, plutôt qu'à les prévenir.


Les connaissances scientifiques permettent de cartographier de mieux en mieux les risques épidémiques et d'identifier les mesures préventives à mettre en œuvre. Pour éviter une "Ere des Pandémies", ces mesures comprendraient des politiques de réduction de l'expansion des activités humaines au détriment des territoires sauvages (aires protégées, réduction de la consommation de produits provoquant des changements d'affectation des sols), ainsi que la réduction du commerce d'espèces sauvages.


https://www.ipbes.net/…/IPBES%20Workshop%20on%20Biodiversit…

(résumé, traduit et publié par C Farhangi)

https://www.facebook.com/jeanmarc.jancovici/posts/10159997054092281

La lèpre menace les chimpanzés

La lèpre est une maladie infectieuse causée par une bactérie qui touche l'Homme mais aussi les animaux. Une nouvelle étude partage le cas de plusieurs centaines de chimpanzés lépreux en Afrique. L'origine de la contamination échappe encore aux scientifiques.

La lèpre, une maladie infectieuse et chronique provoquée par la bactérie Mycobactérium leprae, est associée au Moyen-Âge en Europe. Pourtant, 173.358 cas de lèpre ont été enregistrés dans le monde en 2016.

Cette maladie a longtemps été considérée comme uniquement humaine, mais récemment, les scientifiques ont découvert qu'elle peut aussi toucher les écureuils roux et les tatous à neuf bandes, qui constituent alors un réservoir pour Mycobacterium leprae pouvant se transmettre à l'Homme lors de contacts rapprochés.

Plus récemment encore, une pré-publication indique que la lèpre peut aussi affecter les primates non-humains sauvages. Une équipe internationale de chercheurs a analysé deux populations de chimpanzés africains. La première vit dans le Cantanhez National Park, en Guinée-Bissau, et la deuxième dans le Thaï National Park, en Côte d'Ivoire.

Des chimpanzés lépreux

En Guinée-Bissau, ce sont 241 chimpanzés, observés entre 2015 et 2019, qui présentent des lésions lépreuses sévères, comme la présence de plaques et de nodules sur tout leur corps, notamment la face, les membres et les parties génitales. En Côte d'Ivoire, une observation similaire a été faite en 2018 sur un mâle appelé Woodstock. 

 

Les selles des animaux ont été analysées : Mycobactrium leprae a été isolé dans tous les échantillons des animaux symptomatiques. Mais l'analyse génétique des deux souches révèle qu'elles n'ont pas la même origine phylogénétique. Les singes de Guinée-Bissau sont infectés par une souche de la branche 2F, qui contient celle qui a provoqué la lèpre humaine du Moyen-Âge, tandis que les singes ivoiriens sont infectés par une souche de la branche 4N/O, plus rare.

Reste à savoir comment ces animaux se sont contaminés. Les singes du Cantanhez National Park n'ont pratiquement aucun contact avec l'humain, à part avec des chasseurs. Au Thaï National Park, les animaux sont plus habitués à l'Homme car ils partagent leur territoire avec des zones agricoles, mais aucun contact rapproché n'a été décrit récemment. La contamination humaine semble peu probable car la lèpre est peu contagieuse et nécessite des contacts longs et rapprochés pour se propager. En outre, aucun employé de ces réserves africaines n'est porteur de la maladie.

L'origine de la lèpre chez les chimpanzés reste mystérieuse. Les scientifiques à l'origine de l'étude supposent qu'un réservoir animal de Mycobacterium leprae encore inconnu aurait pu contaminer les grands singes. Si les individus malades ne mettent pas en péril les groupes de chimpanzés observés, c'est encore une menace de plus qui pèse sur les chimpanzés.

Un coronavirus du porc susceptible d'infecter les cellules humaines

Le coronavirus SADS-CoV, qui affecte habituellement le porc, aurait la capacité à se propager à l'humain, met en garde une nouvelle étude. Faut-il prendre la menace au sérieux et que faut-il savoir sur la dangerosité de ce virus ?

Alors que l'épidémie de SARS-CoV-2 est en plein rebond, voit-on déjà la prochaine pandémie mondiale poindre le bout de son nez ? Découvert chez le porc en 2016 en Chine, le SADS-CoV (qui signifie Coronavirus du syndrome de la diarrhée aiguë porcine) est normalement inoffensif pour l'Homme ; du moins, c'est ce que l'on pensait jusqu'à présent. Car une nouvelle étude parue dans PNAS vient de montrer que ce coronavirus est capable d'infecter et de se répliquer dans un large spectre de cellules humaines (foie, intestins, poumons).

Le SADS-CoV est de la même famille que le coronavirus à l'origine de la pandémie de Covid-19, le SARS-CoV-2, mais il appartient à un genre différent : le premier est un alphacoronavirus et le second, un bêtacoronavirus. Il est cependant du même type que les deux autres alphacoronavirus circulant chez l'humain et à l'origine de rhumes bénins, le HCoV-229E et le HCoV-NL63.

Un alphacoronavirus particulièrement virulent

« Alors que de nombreux chercheurs se concentrent sur une potentielle émergence des bêtacoronavirus comme le SARS et le MERS, les alphacoronavirus pourraient s'avérer être une menace tout aussi importante, sinon plus, pour la santé humaine, étant donné leur capacité à passer rapidement d'une espèce à l'autre », avertit Ralph Baric, professeur d'épidémiologie à l'université de Caroline du Nord et coauteur de l'étude.

« Le SADS-CoV est dérivé d'un coronavirus de la chauve-souris nommé HKU2, dont la distribution est largement répandue à travers le monde », renchérit sa collègue Caitlin Edwards, également coauteure de l'article.

De graves symptômes intestinaux

Chez le porc, les symptômes sont les mêmes que ceux induits par le virus de la diarrhée épidémique porcine : diarrhée aiguë et vomissements. La mortalité dépasse les 90 % chez les porcelets de moins de 5 jours. Contrairement au SARS-CoV-2, qui affecte davantage les poumons, le SADS-CoV se réplique lui principalement au niveau des intestins.

Ce qui ne veut pas dire qu'il est moins dangereux, bien au contraire : les diarrhées et vomissements intenses peuvent entraîner des déshydratations sévères et la mort. Autre mauvaise nouvelle : il n'existe pas d’immunité croisée avec les autres alphacoronavirus du rhume qui aurait pu nous protéger d'un passage interespèce.

Le remdesivir comme possible futur traitement ?

Il semblerait quand même que le remdesivir, prescrit dans les formes graves d'Ebola et de SARS-CoV-2, soit efficace contre le coronavirus SADS-CoV. Des données qui restent à confirmer. En attendant la mise au point d'un vaccin pour le porc, les auteurs de l'étude recommandent un suivi attentif des cheptels de cochons et des éleveurs en contact avec eux afin de surveiller un éventuel passage à l'humain et de prévenir des pertes agricoles catastrophiques.

En 2019, la peste porcine africaine (une maladie causée par un Asfivirus) en Chine avait entraîné la mort de plus de 200 millions de cochons, soit plus de la moitié du cheptel du pays.

Céline Deluzarche

Chine : inquiétante découverte d'un virus pouvant causer une nouvelle pandémie

 

Un virus descendant de la souche H1N1

À mesure que de nombreux pays à travers le monde expérimentent de nouveau une vie "normale", certaines nouvelles inquiétantes viennent rappeler que nous sommes loin d'être sorti de cette pandémie. Après la menace d'une seconde vague pour la rentrée 2020, c'est désormais un nouveau virus, découvert en Chine, qui pourrait replonger le monde dans un cauchemar.

Après le Covid-19, qui est encore actuellement en train de faire des ravages aux quatre coins du monde, un nouveau virus, provenant de Chine, pourrait lui aussi fortement se propager. Il s'agit d'un virus de grippe porcine, descendant de la souche H1N1, qui avait causé une pandémie, moins sévère, en 2009.

Cette souche de virus et ses potentiels effets dévastateurs ont été exposés au sein d'une étude publiée dans la revue scientifique américaine PNAS. Selon cette même étude, les virus descendant de la souche H1N1 : "possèdent tous les traits essentiels montrant une haute adaptabilité pour infecter les humains". Une étude réalisée entre 2011 et 2018, avec plus de 30 000 tests sur des porcs provenant de différentes provinces chinoises.

Si ce virus inquiète, c'est qu'il y a un haut risque de transmission entre l'animal et l'homme. De nombreux ouvriers en contact avec ces animaux ont déjà été infectés. Les chercheurs responsables de cette étude mettent en garde la population, et proposent d'instaurer un système de surveillance des hommes en contact avec ce nouveau virus, qui pourrait bien causer la panique.

Le chef du département de médecine vétérinaire à l'université de Cambridge, James Wood, s'est également exprimé concernant l'importance de rester vigilant face à ces nouveaux virus :

"Les travaux sont un rappel salutaire que nous courons constamment le risque de l'émergence de pathogènes zoonotiques, et que des animaux d'élevage, avec qui les humains sont plus en contact qu'avec des animaux sauvages, soient la source de virus pandémiques importants"
Par Robin Rigaud
Hong Kong : la mystérieuse hépatite E du rat se propage

Cette souche de la maladie, apparue pour la première fois en 2018, mystifie toujours les scientifiques quant à son origine, pointe CNN

C'est en 2018 que cette maladie a été détectée pour la première fois. A l'époque, un homme de 56 ans qui vient de subir une transplantation du foie présente des problèmes de santé sans que les médecins ne puissent en comprendre l'origine. Les tests démontrent qu'il s'agit d'une hépatite E, mais aucune souche humaine du virus ne se trouve dans son corps. Une nouvelle batterie de tests permet alors de lier son cas, que les scientifiques pensent unique en son genre, aux rats. Pour la première fois, l'hépatite du rat aurait alors infecté un être humain. Mais, un peu moins de deux ans plus tard, on compte une dizaine de cas, explique CNN

A l'époque, les médecins s'interrogent pour savoir si c'est un cas unique. Ils s'interrogent notamment sur le fait que le patient pourrait s'être simplement trouvé au mauvais endroit au mauvais moment. L'histoire leur a montré que non. Le 30 avril dernier, un nouveau patient de 61 ans a été diagnostiqué. Plus d'une dizaine dans son genre ont été diagnostiqués à Hong Kong. Les médecins estiment désormais qu'il pourrait y en avoir des centaines qui ignorent leur situation. Mais comment est-ce donc possible ? C'est la question que les scientifiques se posent toujours aujourd'hui. L'hépatite E se transmet normalement via la contamination d'eau non potable ou de produits souillés. Mais, pour cette souche issue des rats, la question reste toujours sans réponse. Les médecins ne parviennent pas à identifier le processus de transmission de la maladie Comment l'hépatite E du rat passe-t-elle à l'être humain ? 

Des campagnes de sensibilisation

Le dernier cas en date ne favorise pas la compréhension des scientifiques. L'enquête n'a pas permis de trouver des rats ou des déjections de l'animal dans la maison du patient. Aucun autre membre de son foyer ne présente de symptôme. Bref, c'est un mystère qui s'ajoute à une longue liste. Les scientifiques ignorent encore à l'heure actuelle la durée de la période d'incubation ou encore comment soigner efficacement les malades. Les médicaments normalement utilisés pour soigner l'hépatite ont en effet eu des résultats inégaux, précise CNN. Si certains cas s'avèrent bénins, l'hépatite E du rat peut avoir des conséquences graves, en particulier pour les patients ayant déjà un système immunitaire affaibli. 

Les scientifiques qui ont pris conscience du problème ont donc lancé des campagnes de sensibilisation. A Hong Kong, la population de rats est désormais testée afin de pouvoir détecter les fameux "clusters" et ainsi ralentir la propagation de la maladie vers l'être humain. A l'exception d'un homme diagnostiqué au Canada, tous les cas se trouvent actuellement à Hong Kong. Mais, cela ne veut pas dire que la maladie n'est pas présente ailleurs. Ainsi, Cornelia Adlhoch, du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (CECPM) a lancé l'alerte en mars dernier dans la revue Hepatology : "le manque de sensibilisation des médecins et les diagnostics mal standardisés ont entraîné une sous-déclaration" des cas d'hépatite E en Europe

Publié le | Le Point.fr

 

 

 

 Les cas mortels ont progressé de 40% en un an…

 

Si vous vous rendez en Grande-Bretagne, évitez les sausages. Dans un rapport publié par le Department for Environment, Food and Rural Affairs, des scientifiques montrent que 10% des saucisses analysées contenaient le virus de l’hépatite E, indique le site «Medisite».

 

Plus inquiétant encore, les cas mortels de la maladie suite à l’ingestion de porc contaminé, qui sont normalement assez rares, ont augmenté de 40% en un an dans le pays. La maladie tue une personne sur cinquante infectées. Pour les femmes enceintes, le taux monte à une sur cinq

 

Les cuire assez longtemps

 

Heureusement pour les fanas de saucisses, un moyen simple existe pour éviter les risques de contamination: cuisiner les saucisses à 70°C pendant au moins 20 minutes.

 

En France, une étude portant sur des échantillons français de saucisse de foie de porc avait déjà montré en janvier dernier qu'une saucisse sur quatre était contaminée par le virus de l'hépatite E.

 

 

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